En diciembre de 1999 la UNAB creó la Facultad de Ciencias de la Salud, que inicialmente albergó las carreras de Enfermería, Kinesiología, Química y Farmacia y Tecnología Médica. En el año 2000, en concordancia con la Misión de la Universidad y el Plan de Desarrollo de la Facultad, se crean las carreras de Medicina y Bioquímica, que inician sus actividades académicas en el año 2001. En el año 2003 se adscribe a esta Facultad, el Departamento de Ciencias Biológicas y en el año 2004 la carrera de Nutrición y Dietética.

En el año 2004 se separaron de la Facultad de Ciencias de la Salud, las Facultades de Enfermería – con su Escuela homónima- y de Ciencias de la Rehabilitación, que incluye las Escuelas de Kinesiología, Terapia Ocupacional y Fonoaudiología.

En abril de 2009, en el marco de la reestructuración institucional contenida en el Plan Estratégico Institucional 2009-2013, la Junta Directiva de la Universidad acordó el cambio de denominación de la Facultad de Ciencias de la Salud por la de Facultad de Medicina. Ésta quedó integrada por las Escuelas de Medicina, Química y Farmacia, Nutrición y Dietética y Tecnología Médica, el Departamento de Morfología y el Instituto de Políticas Públicas y Gestión en Salud “Salud y Futuro”, actualmente denominado Instituto de Salud Pública.

Los académicos de los departamentos de Ciencias Biológicas de la Facultad de Ciencias Biológicas, de la Facultad de Ciencias Exactas (Química, Física y Matemáticas), del Departamento de Morfología y del Instituto de Salud Pública, son responsables de impartir las asignaturas básicas de las carreras e integran la planta docente de la unidad académica, de acuerdo con el modelo educacional que la Institución ha desarrollado. A ello se agrega la actividad académica departamental realizada por la escuela de Química y Farmacia, que dicta las asignaturas de Farmacología para todas las facultades de Salud.

Por iniciativa del Decanato de la Facultad de Medicina, desde el año 2011 se efectúa anualmente la Ceremonia de Inauguración del año académico en la que se dicta una conferencia magistral por un destacado profesional de la UNAB o comunidad externa.

En el año 2012 se crea el Centro de Medicina Integrativa e Innovación en Ciencias (CIMIS), con el propósito principal de desarrollar una investigación biomédica de frontera, conformado por un equipo interdisciplinario de profesionales de alto nivel internacional. A partir de su creación, la Facultad de Medicina consolidó su compromiso con la investigación de frontera, que permitió cubrir un amplio rango de trabajo científico y formativo en áreas básicas y aplicadas de la Biomedicina.

Una evidencia de lo anterior es que en el año 2013 la Institución, a través de la Facultad de Medicina y en conjunto con el CIMIS, se adjudicaron el proyecto de Innovación en Educación Superior financiado por MECESUP “Fortalecimiento de las capacidades de innovación basadas en ciencia en el ámbito de la bionanotecnología” que se extendió hasta el año 2020 y significó la adquisición e instalación de equipamiento de investigación de frontera, contratación de académicos con grado de doctor, un activo intercambio nacional e internacional y la participación de alumnos de pregrado.

El año 2013 se crea la carrera de Obstetricia, dependiente de la Facultad de Medicina. Esta Carrera se imparte a partir de marzo de 2013 en la sede de Concepción y a partir del año 2018 en las sedes de Santiago y Viña del Mar.

En el mismo año la Facultad de Medicina crea el Comité de Bioética, cuya función principal es la evaluación de los proyectos de investigación que se generan asociados a los planes de estudio de las carreras de la facultad.

En el año 2017 se conforma el Hospital Simulado, dependiente de la Vicerrectoría Académica que incorpora a los centros de simulación alojados en cada facultad, pasando a ser un centro único donde se realizan todas las actividades de simulación de las facultades de Salud en las tres sedes.

En el año 2018 se crea el Instituto de Ciencias Biomédicas de la Facultad de Medicina (ICB), producto de la fusión del Centro de Investigaciones Biomédicas de la antigua Facultad de Ciencias Biológicas y del Centro de Medicina Integrativa e Innovación en Ciencias de la Facultad de Medicina, generando investigación del más alto nivel. En octubre del mismo año se decreta el Doctorado en Biomedicina que inicia sus actividades en el año 2019 y en 2020 es acreditado por la CNA.

En el año 2018, en virtud del plan estratégico institucional, la Universidad genera una estructura de aseguramiento de la calidad creando en las facultades las Direcciones de Aseguramiento de Calidad con dependencia matricial de la Vicerrectoría de Aseguramiento de la Calidad (VRAC) y de sus respectivos Decanatos. Dentro de sus funciones principales contempla velar por el cumplimiento de los procesos institucionales, en las facultades, que aseguren la calidad académica.

La Facultad de Medicina, a través de su Dirección de Postgrado, inició la creación de programas de formación de especialistas médicos el año 2008. En la actualidad existen 8 programas de formación de especialistas y una cantidad creciente de médicos en formación, cumpliendo con el Plan Estratégico institucional y de Facultad, en el sentido de incrementar la generación de nuevo conocimiento y aportar profesionales al país de acuerdo a las necesidades de salud de la población.

Adicionalmente, la Facultad de Medicina ha desarrollado una oferta creciente de Diplomados, Magísteres y Educación Continua.

Debido a la pandemia que en los años 2020 y 2021 ha azotado al país y el mundo, la Facultad de Medicina ha avanzado en forma significativa en el desarrollo de clases teóricas on line, actividades de simulación y virtualización en modalidad hibrida, teleatención, con el propósito de mantener la continuidad de sus actividades académicas.

En la actualidad, la Facultad de Medicina se encuentra consolidada con cinco Escuelas y sus respectivas carreras en las sedes de Santiago, Viña del Mar y Concepción, el Departamento de Morfología, la Dirección de Postgrado, la Dirección de Aseguramiento de la Calidad, el Instituto de Ciencias Biomédicas y el Instituto de Salud Pública.